咸丰十年五月，李秀成率领的太平军攻破江南大营，又乘胜进围何桂清坐镇的常州。布政使薛焕、总理粮台查文经等人建议何桂清弃常州城而走，保存实力退驻苏州筹饷，以图再战。何桂清采纳了他们的意见，弃城前往上海。朝廷因何桂清弃城而走，将其革职，由曾国藩继任两江总督。

如何惩处何桂清，清廷最高统治者皇帝以及恭亲王奕訢，三朝元老、大学士、吏部尚书祁寯藻等重臣，都以“一品大员，用刑宜慎”为由，主张免何桂清一死。特别是主持审理此事的祁寯藻，坚持认为何桂清罪不至死。他甚至针对主张杀何桂清的一派人说：“国人皆曰可杀，臣亦国人，未敢谓其可杀。”但何桂清的政敌、此时因对太平天军作战连连得手而越来越走红的曾国藩，却坚持主张杀何桂清以谢国人。他说：“疆吏以城守为大节，不宜以僚属一言为进止；大臣以心迹定罪状，不必以公禀之有无为权衡。”

桂清统领十万清军竟弃城潜逃，导致常州、常熟、苏州皆失守，咸丰下诏革职逮捕送北京审讯。凑巧遇英法联军，咸丰帝避难热河，何案搁置两年。期间王有龄及江苏巡抚薛焕等相继上疏乞恩，不准。

同治元年言官纷纷弹劾，恭亲王与租界交涉，正式逮捕下狱，拟斩监候。秋审处总办、直隶司郎中余光倬，将其由封疆大吏失守城池应处之“斩监候”加上罪名“击杀执香跪留父老十九人，忍心害理，罪当加重”而改拟“斩立决”。刑部尚书赵光，因与帮办江南军务的许乃钊有交情，了解桂清失陷苏常殃民细节，覆奏：“不杀何桂清，何以谢江南百万战难生灵？”慈禧太后降旨命大学士六部九卿翰詹科道会议。大理寺卿李棠阶认为桂清为两江总督，骄横颟顸，治军无方，克扣军饷导致将士哗变、全军覆没，弃城而逃又嫁祸他人，其罪不容诛。会议结果如刑部议，而太后另有旨：“何桂清曾任一品大员，用刑宜慎，如有疑义，不妨各陈所见。”有17人上疏论救，体仁阁大学士、礼部尚书祁寯藻，引用嘉庆帝谕旨：“刑部议狱，不得有加重字样。”认为刑部所拟不合制。另有工部尚书万青藜、御史高延祜，而薛焕以重金疏通，故拖延深秋仍未决。 礼部给事中卞宝第（浙江道御史任内就曾参劾桂清）抗章驳祁寯藻：“仁宗上谕，只就承平时期寻常罪名而言。”又言：“道光年间浙江提督余步云失定海，咸丰年间湖北巡抚青麟失武昌，皆以失陷封疆伏法，其时祁寯藻当军机大臣，何独于何桂清护惜若此？”

最后慈禧太后下定决心，务必要杀鸡儆猴，下旨：“刑赏大政，不可为谬悠之议所挠，今欲平贼，而先庇逃帅，何以作中兴将士之气？以才敏负一时之望，膺江表重寄。桂清无料敌之明，又失效死之节。身名俱陨，罪实难辞。何桂清立斩不赦，以慰江南各地军民之心。”

从香山忠烈祠回来，下午便是无事，到了第二日召见了军机，商议了一番各地蠲免税粮的事儿，又把洋务的事儿一样样的细细掰开，一样样的议过去，皇太后赐了茶，各自就散开了，到了下午，太后歇了中觉，神清气爽的起驾养心殿，准备批阅折子，刚刚将黑龙江将军上的《祈拨银用边防折》上头写了个“交户部、兵部部议。”翻开下一本奏折，才看了几眼，皇太后的眉毛就皱了起来。

赫然是礼科给事中于闽中《弹议政王军机处尸位素餐折》！